Bazylika św. Jakuba i św. Agnieszki jest największym obiektem sakralnym w Nysie i cennym zabytkiem uznanym za pomnik historii. Kościół w obecnym kształcie powstał w 1430 roku z inicjatywy architekta Piotra Frankensteina, który wzorował się na katedrze w Gnieźnie.
Według przekazu w 1198 roku biskup wrocławski i książę opolski Jarosław konsekrował w tym miejscu romański, kamienny kościół, który nie przetrwał najazdu mongolskiego w 1241 roku. Kolejna świątynia powstała w drugiej połowie XIII wieku, lecz została zniszczona podczas pożaru miasta w 1401 roku.
W 2009 roku kościół otrzymał od papieża Benedykta XVI honorowy tytuł bazyliki mniejszej, a prezydent RP nadał mu tytuł pomnika historii.