Początki Nysy giną w mrokach średniowiecznej historii, sięgając najprawdopodobniej XII wieku. Miasto powstało w dogodnym miejscu brodu rzeki Nysy Kłodzkiej, położone na skrzyżowaniu ważnych szlaków handlowych: podsudeckiego (wschód-zachód) oraz łączącego Wrocław z Ołomuńcem (północ-południe).
W czasach Bolesława Krzywoustego tereny te należały do kasztelanii otmuchowskiej, a między 1138 a 1155 rokiem przeszły w ręce biskupów wrocławskich. Lokacja miasta na prawie flamandzkim nastąpiła prawdopodobnie do 1223 roku z rąk biskupa Wawrzyńca.
W roku 1260 biskupi wrocławscy przenieśli swoją siedzibę z Otmuchowa do Nysy, dzięki czemu stolicą administracyjną tych ziem stała się właśnie Nysa. Pod koniec XIII wieku, na mocy testamentu księcia Henryka IV Probusa, biskupi przejęli pełnię władzy książęcej, co doprowadziło do powstania Księstwa Biskupiego ze stolicą w Nysie.